home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ Celestin Apprentice 5 / Apprentice-Release5.iso / Source Code / Libraries / DCLAP 6d / dclap6d / DBio / DREnzyme.cpp < prev    next >
Text File  |  1996-07-05  |  45KB  |  1,790 lines
  1. // DREnzyme.cp
  2. // d.g.gilbert
  3.  
  4.  
  5. #include <ncbi.h>
  6. #include <dgg.h>
  7. #include <DFile.h>
  8. #include <DList.h>
  9. #include <DApplication.h>
  10. #include <DWindow.h>
  11. #include <DControl.h>
  12. #include <DPanel.h>
  13. #include <DUtil.h>
  14. #include "DSequence.h"
  15. #include "DREnzyme.h"
  16. #include <DDialogText.h>
  17.  
  18. #define EDITTABLE
  19.  
  20.  
  21.  
  22. class DREnzymeGlobals {
  23. public:
  24.    DREnzymeGlobals() 
  25.        { 
  26.        DCodons::Initialize();
  27.        //DREMap::Initialize();
  28.        }
  29. };
  30.  
  31. static DREnzymeGlobals    globals; // initializes globals here
  32. extern Nlm_FonT  Nlm_fontInUse;
  33. extern "C" void Nlm_TextEnableNewlines(Nlm_TexT t, Nlm_Boolean turnon);
  34.  
  35.  
  36.  
  37.     // ?? use hash table for codons, other table lookups !?
  38. static long Hash( char    *s)
  39. {
  40.     register char    c;
  41.     register long    val = 0;
  42.     while ((c = *s++) != '\0') val += (int) tolower(c);
  43.     return (val);
  44. }
  45.  
  46.  
  47. // class DLocateFile
  48.  
  49. class DLocateFile : public DWindow {
  50. public: 
  51.     char * fName;
  52.     DLocateFile(char* fname, char* desc);    
  53.     ~DLocateFile();
  54.     void OkayAction();
  55. };
  56.         
  57.         
  58. DLocateFile::DLocateFile(char* format, char* name) :
  59.     DWindow( 0, gApplication, fixed, -10, -10, -50, -20, "Locate data", kDontFreeOnClose)
  60. {
  61.     char buf[512];
  62.     DView* super = this;
  63.  
  64.     fName= StrDup(name);
  65.     sprintf(buf, format, name);
  66.     new DNotePanel(0, super, buf, 280, 50);    
  67.     this->NextSubviewBelowLeft();
  68.     new DPrompt( 0, super, "Would you like to locate it?", 280);
  69.     this->NextSubviewBelowLeft();
  70.     this->AddOkayCancelButtons(cOKAY,"Locate",cCANC,"Cancel");
  71. }
  72.  
  73. DLocateFile::~DLocateFile()
  74. {
  75.     MemFree( fName);
  76. }
  77.  
  78. void DLocateFile::OkayAction() 
  79. { 
  80.     DWindow::OkayAction();
  81.     char * suffix= (char*) DFileManager::FileSuffix( fName);
  82.     char * name= (char*) DFileManager::GetInputFileName( suffix, "TEXT");
  83.     MemFree( fName);
  84.     fName= StrDup( name);
  85. }
  86.  
  87.  
  88.  
  89. // class DReplaceFileDlog
  90.  
  91. class DReplaceFileDlog : public DWindow {
  92. public: DReplaceFileDlog(char* title);
  93. };
  94.  
  95. DReplaceFileDlog::DReplaceFileDlog(char* title) :
  96.     DWindow( 0, NULL, DWindow::modal, -10, -10, -50, -20, "", kDontFreeOnClose) // DWindow::fixed
  97. {
  98.     char str[128];
  99.     if (title && *title)  
  100.         sprintf( str, "Replace file '%s'?", title);
  101.   else
  102.       StrCpy( str, "Replace this file?");
  103.     new DPrompt( 0, this, str, 0, 0, Nlm_systemFont);             
  104.     this->AddOkayCancelButtons(cOKAY,"Yes",cCANC,"No");    
  105.     DWindow::Open();
  106. }
  107.  
  108.  
  109.  
  110.  
  111. // class DTableChoiceDialog
  112.  
  113. class DTableChoiceDialog : public DWindow {
  114. public: 
  115.     enum { 
  116.         cSetDefault = 3225, cChoose, cSave,
  117.         kEditNone= 0, kEditOpen, kEditChanged
  118.         };
  119.     DPrompt    * fName;
  120.     DFile    * fFile;
  121.     Boolean fSetPref;
  122.     short fEditData;
  123.     ulong fEditLen;
  124.     long    fEditChk;
  125.     DDialogScrollText* fText;
  126.     
  127.     DTableChoiceDialog(char* title, char* desc=NULL, char* curfile = NULL);    
  128.     ~DTableChoiceDialog();        
  129.     Nlm_Boolean IsMyAction(DTaskMaster* action);
  130.     void OkayAction();
  131.     Boolean OpenText();
  132. };
  133.         
  134.     
  135. DTableChoiceDialog::DTableChoiceDialog(char* title, char* desc, char* curfile) :
  136.     DWindow( 0, gApplication, fixed, -10, -10, -50, -20, title, kDontFreeOnClose),
  137.     fFile(NULL), fName(NULL), fSetPref(false), fEditData(kEditNone), fEditChk(0),
  138.     fText(NULL)
  139. {
  140.     enum { cluwidth= 430 };
  141.     DCluster* clu;
  142.     DView* super;
  143.  
  144.     if (curfile) fFile= new DFile(curfile,"r"); // in case user wants default !
  145.  
  146.     if (desc) {
  147.         char buf[128];
  148.         sprintf(buf, "%s data", title);
  149.         clu= new DCluster( 0, this, 0, 0, false, buf);   
  150.         if (clu) super= clu; else super= this;
  151. #ifdef EDITTABLE
  152.         DDialogScrollText* dt= new DDialogScrollText( 0, super, 50, 15, gTextFont, false);
  153.         fText= dt;
  154.         //Nlm_TextEnableNewlines( dt->fText, true);
  155.         if (!OpenText()) {
  156.             fText->SetText( desc);  
  157.             fText->Disable();// make fText un-editable...
  158.             sprintf(buf, "%s format", title);
  159.             clu->SetTitle( buf);
  160.             }
  161. #else
  162.         new DNotePanel(0, super, desc, cluwidth, 120);    
  163. #endif
  164.         this->NextSubviewBelowLeft();
  165.         }
  166.  
  167.     clu= new DCluster( 0, this, 0, 0, false, "Current table");   
  168.     if (clu) super= clu; else super= this;
  169.     fName= new DPrompt( 0, super, curfile, cluwidth);
  170.     this->NextSubviewBelowLeft();
  171.  
  172.     new DButton( cChoose, this, "Choose file");
  173.     this->NextSubviewToRight();
  174.     new DCheckBox( cSetDefault,this,"Make this default table");
  175.     this->NextSubviewBelowLeft();
  176.     this->AddOkayCancelButtons(cOKAY,"Okay",cCANC,"Cancel");
  177. }
  178.  
  179. DTableChoiceDialog::~DTableChoiceDialog()
  180. {
  181.     if (fFile) delete fFile;
  182. }
  183.  
  184. Boolean DTableChoiceDialog::OpenText() 
  185. {
  186.     Boolean okay= false;
  187.     fEditData= kEditNone;
  188.             // use "rb" to avoid newline translation !!
  189.     if (fText && fFile->Open("rb") == 0) {
  190.         ulong len= fFile->LengthF();
  191.         
  192.                 // check for overly long files!? (10K is big...)
  193.                 // REnzyme.table is too big !! (>32k)
  194.         if (len>10000) return false; // quick fix...
  195.         
  196.         char* buf= (char*) MemNew( len+1);
  197.             // Damn codewarrior stdio is translating mac newline to unix newline here!!
  198.         fFile->ReadData( buf, len);
  199.         fFile->Close();
  200.         buf[len]= 0;
  201.         fEditData= kEditOpen;
  202.         fEditLen= len;
  203.         fEditChk= Hash( buf);
  204.         
  205.         fText->SetText( buf);  
  206.         fText->Enable(); 
  207.         MemFree( buf);
  208.         okay= true;
  209.         }
  210.     return okay;
  211. }
  212.  
  213.  
  214. Nlm_Boolean DTableChoiceDialog::IsMyAction(DTaskMaster* action) 
  215. {    
  216.     switch(action->Id()) {
  217.         case cSave:
  218.             return true;
  219.             
  220.         case cChoose:
  221.             if (fFile) delete fFile;
  222.             if (gApplication->ChooseFile( fFile, NULL, "TEXT")) { 
  223.               fName->SetTitle( (char*)fFile->GetName());
  224. #ifdef EDITTABLE
  225.               if (!OpenText()) ;
  226. #else
  227.               gApplication->OpenDocument( fFile); // view it ??
  228. #endif
  229.               }
  230.             return true;
  231.             
  232.         default:
  233.             return DWindow::IsMyAction(action);    
  234.         }
  235. }
  236.  
  237.  
  238.  
  239. void DTableChoiceDialog::OkayAction() 
  240. { 
  241.     DWindow::OkayAction();
  242.     DCheckBox* ck = (DCheckBox*) this->FindSubview(cSetDefault);
  243.     if (ck && ck->GetStatus() && fFile && fFile->Exists()) {
  244.         fSetPref= true; 
  245.         }
  246.         
  247. #ifdef EDITTABLE
  248.     if (fFile && fText && fEditData >= kEditOpen) {
  249.         Boolean okay= true;
  250.         char *buf= fText->GetText();
  251.         ulong len= StrLen(buf);
  252.         if (len == fEditLen) {
  253.             long check= Hash( buf);
  254.             if (check == fEditChk) return;
  255.             }
  256.         // ask user if s/he wants to save it...
  257.         if (fFile->Exists()) {
  258.             DReplaceFileDlog* dlog= new DReplaceFileDlog( (char*)fFile->GetName());
  259.             okay= dlog->PoseModally();
  260.              delete dlog;  
  261.              if (!okay) {
  262.                 //if (fFile) delete fFile;
  263.                 const char* newname= gFileManager->GetOutputFileName(fFile->GetShortname());
  264.                 if (newname) { 
  265.                     fFile->SetName( newname);
  266.                     //if (fFile->Exists()) fFile->Delete(); //??
  267.                   //fName->SetTitle( (char*)fFile->GetName());
  268.                   //if (!OpenText()) ;
  269.                   }
  270.               }
  271.             }
  272.         if (okay) {
  273.             //fFile->Delete(); // need this !?
  274.             if (fFile->Exists()) {
  275.                 char newname[512];
  276.                 StrNCpy(newname, fFile->GetName(), sizeof(newname));
  277.                 DFileManager::ReplaceSuffix( newname, sizeof(newname), ".old");
  278.                 DFileManager::Rename( fFile->GetName(), newname);
  279.                 }
  280.             fFile->Open("wb");
  281.             fFile->WriteData( buf, len);
  282.             fFile->Close();
  283.             }
  284.         }
  285. #endif        
  286. }
  287.  
  288.  
  289.     
  290. inline char* FlushLine( char* cp)
  291. {
  292.     char * ep;
  293.     while (*cp  && *cp <= ' ') cp++;
  294.     ep= StrChr(cp, '\0') - 1;
  295.     while (ep >= cp && *ep <= ' ') ep--;
  296.     ep[1]= 0;
  297.     //ep= StrChr(cp, ' '); if (ep) *ep= 0;
  298.     return cp;
  299. }
  300.  
  301.  
  302.  
  303.  
  304. #if 0
  305. // this isn't useful till we revise subclasses to be non-statics         
  306. // class DDataTable    
  307.  
  308. Nlm_Boolean DTableClass::NotAvailable()
  309. {
  310.     if (fState == kUnread) {
  311.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  312.         if (tablefile) ReadTable( tablefile);
  313.         else fState= kNodata;
  314.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  315.         }
  316.     return (fState != kOkay);
  317. }
  318.  
  319. void DTableClass::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  320. {
  321.     fState= kUnread;
  322.     fType= type;
  323.     fSection= section;
  324.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  325. }
  326.  
  327. void DTableClass::ReadTable( char* tableFile)
  328. {
  329.      DFile aFile( tableFile, "r");
  330.     ReadTable( &aFile);
  331. }
  332.  
  333. //void DTableClass::TableChoice() = 0;
  334. //void DTableClass::ReadTable(DFile* aFile) = 0
  335.  
  336. #endif
  337.  
  338.  
  339.  
  340.  
  341.  
  342.     
  343. // struct CodonStat    
  344.     
  345. CodonStat::CodonStat( char* codn, char ami, float numk):
  346.     amino(ami), numPerK( numk)
  347. {
  348.     if (!codn) codn= "---";
  349.     codon[0]= codn[0]; 
  350.     codon[1]= codn[1]; 
  351.     codon[2]= codn[2]; 
  352.     codon[3]= codn[3]; 
  353. }     
  354.          
  355.          
  356. // class DCodons    
  357.  
  358. short DCodons::fState= DCodons::kUnread;
  359. short DCodons::fStartcodon= -1;
  360. CodonStat* DCodons::fCodons= NULL;
  361. char* DCodons::fType= "codon";
  362. char* DCodons::fSection= "data";
  363. char* DCodons::fDefaultvalue= "tables:codon.table";
  364.  
  365. Nlm_Boolean DCodons::NotAvailable()
  366. {
  367.     if (fState == kUnread) {
  368.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  369.         if (tablefile) {
  370.             ReadTable( tablefile);
  371.             if (fState != kOkay) {
  372.                 // dialog - would you like to locate data?
  373.                 DLocateFile* win= new DLocateFile("Could not read table file '%s'", tablefile);
  374.                 if (win->PoseModally()) {
  375.                     ReadTable( win->fName);
  376.                     if (fState == kOkay)
  377.                         gApplication->SetPref( win->fName, fType, fSection); //??
  378.                     }
  379.                 delete win;
  380.                 }
  381.             }
  382.         else 
  383.             fState= kNodata;
  384.         if (fState != kOkay)
  385.              Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  386.         MemFree( tablefile);
  387.         }
  388.     return (fState != kOkay);
  389. }
  390.  
  391. void DCodons::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  392. {
  393.     fState= kUnread;
  394.     fType= type;
  395.     fSection= section;
  396.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  397.     if (fCodons==NULL) fCodons= (CodonStat*) MemNew( 64 * sizeof(CodonStat));
  398. }
  399.  
  400. const char* DCodons::FindBestCodon( char matchamino)
  401. {
  402.     //shorten this x64 loop w/ sorted CodonTable sorted by most freq form/aa 
  403.     short k, bestk= -1;
  404.     float bestNumPerK= 0;
  405.     Boolean nomatch;
  406.     
  407.     for (k= 0, nomatch= true; k<64 && nomatch; k++) {
  408.         if (fCodons[k].amino == matchamino) {
  409.              if (bestk<0 || fCodons[k].numPerK > bestNumPerK) {
  410.                 bestk= k;
  411.                 bestNumPerK= fCodons[k].numPerK;
  412.                 }
  413.             }
  414.         else if (fCodons[k].amino > matchamino) {
  415.             nomatch= false;
  416.             }
  417.         }
  418.     if (bestk<0) return "NNN";  
  419.     else return fCodons[bestk].codon;
  420. }
  421.  
  422.  
  423.  
  424. void DCodons::TableChoice()
  425. {
  426.     char* title= "Codon Table";
  427.     char* desc = 
  428. "  gcg style, '..' signals start of data"LINEEND
  429. "AmAcid  Codon     Number    /1000     Fraction   .."LINEEND
  430. "Gly     GGG     1743.00      9.38      0.13"LINEEND
  431. "Gly     GGA     1290.00      6.94      0.09"LINEEND
  432. ;
  433.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  434.     
  435.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title, desc, tablefile);
  436.     if (win->PoseModally()) {
  437.         ReadTable( win->fFile);
  438.         if (fState != kOkay) {
  439.             Message(MSG_OK, "Table wasn't properly loaded.  Please try again");
  440.             }
  441.         else if (win->fSetPref)
  442.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  443.         }
  444.     MemFree( tablefile);
  445.     delete win;
  446. }
  447.  
  448.  
  449. void DCodons::ReadTable( char* tableFile)
  450. {
  451.      DFile aFile( tableFile, "r");
  452.     ReadTable( &aFile);
  453.     //delete aFile;
  454. }
  455.  
  456. #ifdef WIN_MSWIN
  457. static int LIBCALLBACK
  458. #else
  459. static int
  460. #endif
  461. aminosort(void* a, void* b)
  462. {
  463.     return ( ((CodonStat*)a)->amino -  ((CodonStat*)b)->amino);
  464. }
  465.  
  466. void DCodons::ReadTable(DFile* aFile)
  467. {
  468. /*------ file format for codon table (gcg style)
  469. AmAcid  Codon     Number    /1000     Fraction   ..
  470.          1         2         3         4   
  471. 12345678901234567890123456789012345678901234567890
  472. Gly     GGG     1743.00      9.38      0.13
  473. Gly     GGA     1290.00      6.94      0.09
  474. ------*/
  475.     const    short kLinemax= 512;
  476.      Boolean done= FALSE;
  477.     char        amino3[5], codon[5], startc;
  478.     char        line[kLinemax];
  479.     short        na;
  480.     float        number, numPerK, frac;
  481.     
  482.     //fState= kNodata;
  483.     if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  484.     aFile->OpenFile();
  485.     do {
  486.         aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  487.         done= (StrStr(line,"..") != NULL);
  488.     } while (!done && !aFile->Eof());
  489.     
  490.     done= FALSE;
  491.     startc= 0;
  492.     na= 0; 
  493.     while (!done && !aFile->Eof()) {
  494.         number= -1;
  495.         aFile->ReadLine( line, kLinemax); // eat line
  496.         if (*line > ' ') {
  497.             sscanf( line, "%3s %3s %f %f %f", &amino3, &codon, &number, &numPerK, &frac);
  498.             }
  499.         if (number > 0) {
  500.                     // use GCG practice of signifying start codon w/ all lowercase
  501.             fCodons[na].amino= DSequence::Amino321( amino3);
  502.           if (islower(amino3[0]) && islower(amino3[1]) && islower(amino3[2])) 
  503.                 startc= fCodons[na].amino;
  504.             codon[0]= toupper(codon[0]);
  505.             codon[1]= toupper(codon[1]);
  506.             codon[2]= toupper(codon[2]);
  507.             StrNCpy( fCodons[na].codon,codon,4);
  508.             fCodons[na].numPerK= numPerK;
  509.             na++;
  510.             }
  511.         done= na>= 64;
  512.         }
  513.     
  514.     if (done) {
  515.         Nlm_HeapSort(fCodons, 64, sizeof(CodonStat), aminosort);
  516.         if (!startc) startc= 'M'; // Met is usual start codon
  517.         for (short i= 0; i<64; i++) 
  518.           if (fCodons[i].amino == startc) { fStartcodon= i; break; }
  519.         fState= kOkay;
  520.         }
  521.     else fState= kNodata;
  522. }
  523.  
  524.  
  525.  
  526.  
  527.  
  528. // class DREnzyme
  529.  
  530.  
  531. DREnzyme::DREnzyme()
  532. {
  533.     fName= NULL;
  534.     fSite= NULL;
  535.     fCoSite= NULL;
  536.     fVendors= NULL;
  537.     fCutpoint = -1;
  538.     fCoCutpoint= -1;
  539.     fCut3from5 = 0;
  540.     fCutcount= 0;
  541. }
  542.  
  543. DREnzyme::~DREnzyme()
  544. {
  545.     MemFree( fName);
  546.     MemFree( fSite);
  547.     MemFree( fCoSite);
  548.     MemFree( fVendors);
  549. }
  550.  
  551.     
  552. Boolean DREnzyme::Parse( char* line)
  553. /*----
  554. [Name            Cut  Site                    ? !   Isoschizomers?                    >vendors ]
  555. ;AatI      3 AGG'CCT        0 !  Eco147I,StuI                 >OU
  556. AatII      5 G_ACGT'C      -4 !               >EGJLMNOPRSUVX
  557. AccI       2 GT'mk_AC       2 !               >ABDEGIJKLMNOPQRSUVXY
  558. ;AccII     2 CG'CG          0 !  Bsp50I,BstUI,MvnI,ThaI      >DEGJKQVXY
  559.  
  560. ? skip lines starting w/ ;
  561. ----*/
  562. {
  563.     //assume caller has eliminated blank lines 
  564.     short        i, k, l, len, sitel;
  565.     char        sitebuf[kMaxSite];
  566.     
  567.     if (*line == ';')  return false;
  568.     fCutpoint= 0;
  569.     fCut3from5= 0;
  570.  
  571.     i= 0; 
  572.     len= StrLen(line);
  573.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  574.     k= i;
  575.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  576.     l= i-k;
  577.     fName= (char*) MemNew(l+1);
  578.     StrNCpy( fName, line+k, l); 
  579.     fName[l]= 0;
  580.     
  581.         //get cutpoint ?
  582.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  583.     k= i;
  584.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  585.     l= i-k;
  586.     // word= copy(line,k,l); StringToNumber(word, long); fCutpoint= long; 
  587.     fCutpoint= atol(line+k);
  588.     
  589.         // get site && cutpoint 
  590.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;    
  591.     k= i;
  592.     for (l= 0; i<len && line[i]>' ' && l<kMaxSite; i++) {
  593.         if (isalpha(line[i])) sitebuf[l++]= line[i];
  594.         }
  595.     sitel= l;
  596.     sitebuf[sitel]= 0;
  597.     fSite= (char*) MemNew(sitel+1);
  598.     MemCpy(fSite, sitebuf, sitel+1);
  599.     
  600.         //skip fCut3from5 value ?
  601.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  602.     k= i;
  603.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  604.     //l= i-k;
  605.     fCut3from5= atol(line+k);
  606.  
  607.     //Boolean unsym= (fCut3from5 != 0 || sitel & 1);
  608.     if (1) {
  609. #if 1
  610.         long i;
  611.         char* aCoSite= (char*) MemNew(sitel+1);  
  612.         for (i=0; i<sitel; i++) aCoSite[sitel-i-1]= fSite[i];
  613.         aCoSite[sitel]= 0;
  614.             // ?? do complement before or after strcmp ?? likewise, reverse when?
  615.         DSequence::NucleicComplement( false, aCoSite, aCoSite, sitel);
  616.         if ( StringCmp(aCoSite, fSite) != 0) fCoSite= aCoSite;
  617.         else MemFree(aCoSite); 
  618. #else
  619.         long i, j;
  620.         char* aCoSite= (char*) MemNew(sitel+1);  
  621.         for ( i=0; i<sitel; i++) aCoSite[i]= fSite[i];
  622.         aCoSite[sitel]= 0;
  623.             // ?? do complement before or after strcmp ?? likewise, reverse when?
  624.         DSequence::NucleicComplement( false, aCoSite, aCoSite, sitel);
  625.         if ( StringCmp(aCoSite, fSite) != 0) {
  626.             for (i=0, j= sitel-1; i<j; i++, j--) {
  627.                 char c= aCoSite[i];
  628.                 aCoSite[i]= aCoSite[j];
  629.                 aCoSite[j]= c;
  630.                 }
  631.             aCoSite[sitel]= 0; // be sure ...
  632.             fCoSite= aCoSite;
  633.             }
  634.         else MemFree(aCoSite); 
  635. #endif
  636.  
  637. #if 1
  638.         fCoCutpoint= sitel - (fCutpoint + fCut3from5); 
  639. #else
  640.         if (fCut3from5) fCoCutpoint= sitel - (fCutpoint + fCut3from5); 
  641.         else fCoCutpoint= fCutpoint; // ?????? 
  642. #endif
  643.         }
  644.     
  645.     
  646.         //skip past "!"
  647.     while (i<len && line[i] != '!') i++;    
  648.     i++;
  649.         
  650.         //get Isoschizomers? -- not all have them! ?
  651.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  652.     if (line[i] != '>') {
  653.         k= i;
  654.         while (i<len && line[i]>' ') i++;
  655.         l= i-k;
  656.             //skip past ">"
  657.         while (i<len && line[i] != '>') i++;
  658.         }
  659.     i++;
  660.     
  661.         //get vendors  
  662.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  663.     k= i;
  664.     while (i<len && line[i]>' ') i++;
  665.     l= i-k; //Min(63,i-k);
  666.     fVendors= (char*) MemNew(l+1);
  667.     StrNCpy( fVendors, line+k, l); 
  668.     fVendors[l]= 0;
  669.     
  670.     return true;
  671. }
  672.         
  673.  
  674.  
  675. // class DREnzymeVendor
  676.  
  677.  
  678. DREnzymeVendor::DREnzymeVendor()
  679. {
  680.     fCode = '!';
  681.     fName    = NULL;
  682. }
  683.  
  684. DREnzymeVendor::~DREnzymeVendor()
  685. {
  686.     if (fName) MemFree( fName);
  687. }
  688.  
  689. Boolean DREnzymeVendor::Parse( char* line)
  690. // e.g.,  "A    Amersham (4/91)" 
  691. {
  692.     //assume caller has eliminated blank lines & flushed blanks from front & back 
  693. #if 1
  694.     char *cp= line;
  695.     fCode= *line;
  696.     line++;
  697.     while (*line && *line<=' ') line++;
  698.     fName= StrDup( line);
  699. #else
  700.     short        i, j, k, l, len;
  701.     len= StrLen(line);
  702.     for (i=0; i<len && line[i]<=' '; i++) ;
  703.     fCode= line[i];
  704.     i++;
  705.     while (i<len && line[i]<=' ') i++;
  706.     l= len-i;
  707.     fName= (char*) MemNew(l+1);
  708.     StrNCpy( fName, line+i, l); 
  709.     fName[l]= 0;
  710. #endif
  711.  
  712.     return true;
  713. }
  714.  
  715.  
  716.  
  717.  
  718.  
  719.  
  720.  
  721.  
  722.  
  723. // DREMap ---------------------------------
  724.         
  725.  
  726. short DREMap::fState= DREMap::kUnread;
  727. char* DREMap::fType= "renzyme";
  728. char* DREMap::fSection= "data";
  729. char* DREMap::fDefaultvalue= "tables:renzyme.table";
  730. DList    * DREMap::fREnzymes = NULL ;                // of DREnzyme ?? same as gREnzymes
  731. DList    * DREMap::fREnzymeVendors = NULL ;     // of DREnzymeVendor
  732.     
  733.     
  734. //static
  735. void DREMap::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  736. {
  737.     fREnzymes= NULL; //?
  738.     fREnzymeVendors= NULL; //?
  739.     fState= kUnread;
  740.     fType= type;
  741.     fSection= section;
  742.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  743. }
  744.  
  745.  
  746.  
  747. DREMap::DREMap()
  748. {
  749.     fSeq= NULL;
  750.     fCoSeq= NULL;
  751.     fSeqCuts= NULL;
  752.     fCutcount= 0;
  753.     fCuttersCount= 0;
  754.     fType= "renzyme";
  755.     fSection= "data";
  756.     fDefaultvalue= "tables:renzyme.table";
  757. }
  758.  
  759. DREMap::~DREMap()  
  760. {
  761.     FreeTempData();
  762.     //FreeEnzymeList(); 
  763. }
  764.  
  765.  
  766.  
  767. //static
  768. void DREMap::FreeEnzymeList()
  769. {
  770.     fREnzymes = FreeListIfObject(fREnzymes); 
  771.     fREnzymeVendors = FreeListIfObject(fREnzymeVendors); 
  772. }
  773.  
  774. void DREMap::FreeTempData() 
  775. {
  776.     fSeq= NULL;
  777.     delete fCoSeq; fCoSeq= NULL;
  778.     MemFree(fSeqCuts); fSeqCuts= NULL;
  779.     fCutcount= 0;
  780.     fCuttersCount= 0;
  781. }
  782.  
  783. //static
  784. Nlm_Boolean DREMap::NotAvailable()
  785. {
  786.     if (fState == kUnread) {
  787.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  788.         if (tablefile) {
  789.           ReadTable( tablefile);
  790.             if (fState != kOkay) {
  791.                 // dialog - would you like to locate data?
  792.                 DLocateFile* win= new DLocateFile("Could not read table file '%s'", tablefile);
  793.                 if (win->PoseModally()) {
  794.                     ReadTable( win->fName);
  795.                     if (fState == kOkay)
  796.                         gApplication->SetPref( win->fName, fType, fSection); //??
  797.                     }
  798.                 delete win;
  799.                 }
  800.             }
  801.         else fState= kNodata;
  802.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  803.         MemFree( tablefile);
  804.         }
  805.     return (fState != kOkay);
  806. }
  807.  
  808. //static
  809. void DREMap::TableChoice()
  810. {
  811.     char* title= "R.Enzyme Table";
  812.     char* desc = 
  813. "    gcg format, '..' signals start of data"LINEEND
  814. "REBASE abbreviations for commercial sources of restriction enzymes"LINEEND
  815. "                A        Amersham (5/93)"LINEEND
  816. "                Y        P.C. Bio (9/91)"LINEEND
  817. "[Name            Cut  Site         Cut3-5 !   Isoschizomers?     >vendors]"LINEEND
  818. ".."LINEEND
  819. ";AatI      3 AGG'CCT        0 !  Eco147I,StuI         >OU"LINEEND
  820. "AatII      5 G_ACGT'C      -4 !                       >ELMNOPRSUX"LINEEND
  821. "AccI       2 GT'mk_AC       2 !                       >ABDEGKLMNOPQRSUX"LINEEND
  822. ";AccII     2 CG'CG          0 !  BstUI,MvnI,ThaI,Bsh1236I  >KQX"LINEEND
  823. ;
  824.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  825.  
  826.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title, desc, tablefile);
  827.     if (win->PoseModally()) {
  828.         ReadTable( win->fFile);
  829.         if (fState != kOkay) {
  830.             Message(MSG_OK, "REnzyme table wasn't properly loaded.  Please try again");
  831.             }
  832.         else if (win->fSetPref)
  833.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  834.         }
  835.     MemFree( tablefile);
  836.     delete win;
  837. }
  838.  
  839. //static
  840. void DREMap::ReadTable( char* tableFile)
  841. {
  842.      DFile aFile( tableFile, "r");
  843.     ReadTable( &aFile);
  844.     //delete aFile;
  845. }
  846.  
  847. //static
  848. void DREMap::ReadTable(DFile* aFile)  
  849. /*------ file format for Restriction Enzyme table (REbase in wisconsin/GCG format)
  850. blah, blah
  851.  
  852. Commercial sources of restriction enzymes are abbreviated as follows:
  853.  
  854.         A    Amersham (4/91)
  855.         :        :
  856.          Y    P.C. Bio (9/91)
  857.  
  858. [Name            Cut  Site         Cut3-5 !   Isoschizomers?                    >vendors \newline]
  859. ..
  860. ;AatI      3 AGG'CCT        0 !  Eco147I,StuI                      >OU
  861. AatII      5 G_ACGT'C      -4 !         >EGJLMNOPRSUVX
  862. AccI       2 GT'mk_AC       2 !         >ABDEGIJKLMNOPQRSUVXY
  863. ;AccII     2 CG'CG          0 !  Bsp50I,BstUI,MvnI,ThaI            >DEGJKQVXY
  864.     :                        :
  865. ----------------*/
  866. {
  867.     const    short kLinemax = 512;
  868.     char                line[kLinemax+1];
  869.     Boolean         done, gotfirst;
  870.     char    * cp;
  871.  
  872.     //fState= kNodata;
  873.      if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  874.      
  875.     FreeEnzymeList();
  876.     fREnzymeVendors = new DList(); // of StringHandle 
  877.     fREnzymes    = new DList();    // of REnzymeHandle 
  878.  
  879.     aFile->OpenFile();
  880.     done= FALSE;            
  881.     gotfirst= FALSE;
  882.     while (!done && !aFile->Eof()) {
  883.         aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  884.         done= StrStr(line, "sources of restriction enzymes") != NULL;
  885.         if (!done) {
  886.             gotfirst= TRUE;
  887.             done= StrStr(line, "Amersham") != NULL;  //vendor, maybe key line was changed...
  888.             }
  889.         }
  890.  
  891.         // Read vendor codes 
  892.     for (done= false; !done && !aFile->Eof(); ) {
  893.         if (!gotfirst) aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  894.         gotfirst= false;
  895.         cp= FlushLine(line);
  896.         if (*cp) {
  897.             DREnzymeVendor* rev = new DREnzymeVendor();
  898.             if (rev->Parse( cp))
  899.                 fREnzymeVendors->InsertLast( rev);
  900.             else
  901.                 delete rev;
  902.             }
  903.         done= (StrStr(cp, "..") != NULL);  // GCG format data separator 
  904.         }
  905.     
  906.         // Read Enzymes 
  907.     for (done= false; !done && !aFile->Eof(); ) {
  908.         aFile->ReadLine( line, kLinemax);
  909.         cp= FlushLine( line);
  910.         if (*cp) {
  911.             DREnzyme*    re = new DREnzyme();
  912.             if (re->Parse( cp))
  913.                 fREnzymes->InsertLast( re);
  914.             else
  915.                 delete re;
  916.             }
  917.         }
  918.         
  919.     done= true; // !! need some test of acurrate read !!
  920.     if (done) {
  921.         fState= kOkay;
  922.         }
  923.     else fState= kNodata;
  924. }
  925.  
  926.  
  927. void DREMap::HuntCut( short n, short x, short& jlo)
  928. {    
  929.     short        jm, jhi, inc;
  930.     Boolean        done;
  931.  
  932.     jlo= 0; //TESTING....
  933.     
  934.     //- ascend= ((*fSeqCuts)^[n].fSeqIndex > (*fSeqCuts)^[1].fSeqIndex); 
  935.     if (jlo <= 0 || jlo > n) {
  936.         jlo= 0; 
  937.         jhi= n+1;
  938.         }
  939.         
  940.     else { // hunt from last low value section 
  941.         inc= 1;
  942.         if ( x >= fSeqCuts[jlo].fSeqIndex ) // ascend
  943.             do {
  944.                 jhi= jlo + inc;
  945.                 done= TRUE; 
  946.                 if (jhi > n)  
  947.                     jhi= n+1;
  948.                 else if ( x >= fSeqCuts[jhi].fSeqIndex ) {
  949.                     jlo= jhi; inc= inc + inc;
  950.                     done= FALSE; 
  951.                     }
  952.             } while (!done);
  953.             
  954.         else {
  955.             jhi= jlo;
  956.             do {
  957.                 jlo= jhi - inc;
  958.                 done= TRUE; 
  959.                 if (jlo < 1)
  960.                     jlo= 0;
  961.                 else if ( x < fSeqCuts[jlo].fSeqIndex) { //== ascend
  962.                     jhi= jlo; inc= inc + inc;
  963.                     done= FALSE;
  964.                     }
  965.             } while (!done);
  966.             }
  967.         }
  968.             // bisection 
  969.     while (jhi - jlo > 1) {
  970.         jm= (jhi + jlo) / 2;
  971.         if ( x > fSeqCuts[jm].fSeqIndex ) jlo= jm;
  972.         else if ( x == fSeqCuts[jm].fSeqIndex ) { jlo= jm; return; }
  973.         else jhi= jm;
  974.         }
  975. }        
  976.  
  977.  
  978. void DREMap::CutsAtBase( short atBase, short& firstCut, short& nCuts)
  979. {
  980.     short icut;
  981.         
  982.     nCuts= 0;
  983.     if ( fSeqCuts && fCutcount>0 ) {
  984.         /*-----
  985.         while ( ((*fSeqCuts)^[icut].fSeqIndex < atBase) do icut= icut+1;  
  986.         firstCut= icut;
  987.         ------*/
  988.         HuntCut( fCutcount, atBase, firstCut);    
  989.             //hunt may find middle of a run
  990.         while ( firstCut>1 && fSeqCuts[firstCut-1].fSeqIndex == atBase )
  991.             firstCut--;
  992.         icut= firstCut;  
  993.         while (fSeqCuts[icut].fSeqIndex == atBase) {
  994.             nCuts++;
  995.             icut++;
  996.             }
  997.         }
  998.     if (nCuts == 0) firstCut= 0; //??
  999. }
  1000.  
  1001.  
  1002.  
  1003. enum {     kSearchNotFound = -1, kStep = 1 };
  1004.  
  1005. long DREMap::QuickSearch( Nlm_Boolean first, char* target, long targlen, 
  1006.                             char* source, long sourcelen)
  1007. {
  1008.     static long qIndex;
  1009.     register char tBase; // fTargetbase
  1010.     
  1011.     tBase = target[0];
  1012.     if (first) {
  1013.         qIndex= -kStep;   
  1014.         if (!tBase) return kSearchNotFound;
  1015.         }
  1016.  
  1017. lNextStep:
  1018.     qIndex += kStep; 
  1019.     for (register long j= qIndex; j<sourcelen; j++) {  
  1020.         if (tBase & source[j]) {
  1021.             qIndex = j; 
  1022.                         //? enough source left to match full target 
  1023.             if (sourcelen-qIndex < targlen) 
  1024.                 return kSearchNotFound;
  1025.             else {
  1026.               register char * sp = source + qIndex + 1;
  1027.               register char * tp = target + 1;
  1028.               register long k = targlen-1;
  1029.               long k1= sourcelen - qIndex - 1;
  1030.               if (k1<k) k= k1;
  1031.               if (k<1) goto lNextStep;
  1032.               for ( ; (k); k--) 
  1033.                   if ((*sp++ & *tp++) == 0) goto lNextStep; // no match
  1034.                   
  1035.               if (source[qIndex] == DSequence::kMaskNucs) {
  1036.                       // screen out all N's here -- don't want to match these !?
  1037.                   sp = source + qIndex + 1;
  1038.                   for (k= targlen-1; (k); k--) 
  1039.                       if (*sp++ != DSequence::kMaskNucs) return qIndex;  // non-NNN match
  1040.                   goto lNextStep; // got all Ns .. continue scan
  1041.                   }
  1042.               else
  1043.                     return qIndex; // matched
  1044.                 }
  1045.             }
  1046.         }
  1047.     return kSearchNotFound;
  1048. } 
  1049.  
  1050.     
  1051.  
  1052. void DREMap::SearchStrand( DSequence* bSeq, char* aTarget, char* sourcebits, long sourcelen,
  1053.                                             DREnzyme* zyme, short cutAdd, long& zymecuts)
  1054. {
  1055.     long  targlen, i, len;
  1056.   char   tb, * targbits;
  1057.   
  1058.   len= StrLen(aTarget);
  1059.   targbits= (char*) MemNew(len+1);
  1060.     for ( i=0, targlen = 0; i<len; i++) { 
  1061.         tb = (char) DSequence::kMaskNucs & DSequence::NucleicBits(aTarget[i]);
  1062.         if (tb) targbits[targlen++]= tb;
  1063.         }
  1064.   targbits[targlen]= 0;
  1065.   
  1066.     long indx= QuickSearch( true, targbits, targlen, sourcebits, sourcelen);
  1067.     while (indx != kSearchNotFound) {
  1068.         if (fCutcount >= fMaxcuts) {
  1069.             fMaxcuts += 100;
  1070.             fSeqCuts= (DRECutsItem*) MemMore( fSeqCuts, fMaxcuts * sizeof(DRECutsItem));
  1071.             }
  1072.         fSeqCuts[fCutcount].fSeqIndex= indx + cutAdd;
  1073.         fSeqCuts[fCutcount].fREnzyme= zyme;
  1074.         fCutcount++;
  1075.         zymecuts++;
  1076.         indx= QuickSearch( false, targbits, targlen, sourcebits, sourcelen);
  1077.         }
  1078.     MemFree(targbits);
  1079. }
  1080.         
  1081.  
  1082. void DREMap::FindCuts( DREnzyme* zyme, char* sourcebits, long sourcelen)
  1083. {
  1084.      long    zymecuts;
  1085.  
  1086.     zymecuts= 0;
  1087.     SearchStrand( fSeq, zyme->fSite, sourcebits, sourcelen, zyme, zyme->fCutpoint, zymecuts);
  1088.  
  1089.     if (zyme->fCoSite) {
  1090.         // only do when 3' differs from 5' 
  1091.         //!? ignore symmetric sites -- are these symmetric if fCut3!=fCut5
  1092.         //!? also need to screen sites that are symmetric about cut points !?
  1093.  
  1094.         SearchStrand( fSeq, zyme->fCoSite, sourcebits, sourcelen, zyme, 
  1095.                                     zyme->fCoCutpoint, zymecuts);
  1096.         }
  1097.     zyme->fCutcount= zymecuts;
  1098.     if (zymecuts>0) fCuttersCount++;
  1099. }
  1100.  
  1101.  
  1102. #ifdef WIN_MSWIN
  1103. static int LIBCALLBACK
  1104. #else
  1105. static int
  1106. #endif
  1107.  
  1108. cutterCompare(void* a, void* b)
  1109. {
  1110.     short diff= ((DRECutsItem*)a)->fSeqIndex - ((DRECutsItem*)b)->fSeqIndex;
  1111.     if (diff == 0) {
  1112.         return StringCmp(((DRECutsItem*)a)->fREnzyme->fName, 
  1113.                                   ((DRECutsItem*)b)->fREnzyme->fName);
  1114.         }
  1115.     else
  1116.         return diff;
  1117. }
  1118.  
  1119.  
  1120. void DREMap::MapSeq( DSequence* aSeq)
  1121. {
  1122.     long  i, nzymes, len, sourcelen, aStart, aBases;
  1123.     char * sourcebits, sb;
  1124.     
  1125.     FreeTempData();
  1126.     if (NotAvailable()) return;
  1127.     fSeq= aSeq;
  1128.     fSeq->GetSelection( aStart, aBases);
  1129.     
  1130.         
  1131. #if 1
  1132.     fCoSeq= aSeq->Complement();
  1133. #else
  1134.     aSeq->SetSelection(0,0); // for Complement...
  1135.     fCoSeq= aSeq->Complement();
  1136.     aSeq->SetSelection(aStart,aBases);  
  1137. #endif
  1138.     
  1139.     // make a NucBits form of fBases, once  
  1140. #if 0
  1141.         // this needs work -- draw currently expects start of seq/remap == 0, not aStart
  1142.     if (aBases) {
  1143.         len= aBases;
  1144.         sourcebits= (char*) MemNew(len+1);
  1145.         StrNCpy( sourcebits, aStart+fSeq->Bases(), len);
  1146.         sourcebits[len]= 0;
  1147.         }
  1148.     else
  1149. #endif
  1150.     {
  1151.     sourcebits= StrDup( fSeq->Bases());
  1152.     len= StrLen(sourcebits);
  1153.     }
  1154.     for (i= 0, sourcelen= 0; i<len; i++) {
  1155.         sb = (char) DSequence::kMaskNucs & DSequence::NucleicBits(sourcebits[i]);
  1156.         if (sb) sourcebits[sourcelen++]= sb;
  1157.         }
  1158.       // drop trailing "..." Ns
  1159.     while (sourcelen && sourcebits[sourcelen-1] == DSequence::kMaskNucs) 
  1160.         sourcelen--;
  1161.   sourcebits[sourcelen]= 0;
  1162.         
  1163.     fCutcount= 0; 
  1164.     fMaxcuts = 0;
  1165.     fSeqCuts= (DRECutsItem*) MemNew(sizeof(DRECutsItem));
  1166.     nzymes= fREnzymes->GetSize();
  1167.     for (i=0; i<nzymes; i++) {
  1168.         DREnzyme* re= (DREnzyme*) fREnzymes->At(i);
  1169.         FindCuts( re, sourcebits, sourcelen);
  1170.         }
  1171.     MemFree( sourcebits);
  1172.   
  1173.     Nlm_HeapSort( fSeqCuts, fCutcount, sizeof(DRECutsItem), cutterCompare);
  1174.     
  1175.         // !! check for ident. zyme cuts at same site ?!!!
  1176.   short at, lastat= -1;
  1177.   char *name, *lastname=NULL;
  1178.   for (i=0; i<fCutcount; i++) {
  1179.       at= fSeqCuts[i].fSeqIndex;
  1180.       name= fSeqCuts[i].fREnzyme->fName;
  1181.       if (lastat == at && StringCmp(name, lastname)==0)
  1182.         fSeqCuts[i].fREnzyme->fCutcount--;
  1183.       lastname= name;
  1184.       lastat= at;
  1185.       }
  1186. }
  1187.  
  1188.  
  1189.  
  1190.  
  1191.  
  1192.  
  1193.  
  1194. // class DBaseColors
  1195.  
  1196. short DBaseColors::fState= DBaseColors::kUnread;
  1197. char* DBaseColors::fType= "color";
  1198. char* DBaseColors::fSection= "data";
  1199. char* DBaseColors::fDefaultvalue= "tables:color.table";
  1200. baseColors DBaseColors::gAAcolors;
  1201. baseColors DBaseColors::gNAcolors;
  1202.     
  1203. typedef unsigned long  colorVal;
  1204.  
  1205. Local colorVal        kBlack     = 0; 
  1206. Local colorVal        kRed         = (255<<16);
  1207. Local colorVal        kGreen     = (255<<8);
  1208. Local colorVal        kBlue     = (255<<0);
  1209. Local colorVal        kWhite     = 0xffffff00;
  1210. Local colorVal         kYellow = (255<<16) | (255<<8);
  1211. Local colorVal         kMagenta= (255<<16) | (255<<0);
  1212. Local colorVal         kCyan     = (255<<8) | (255<<0);
  1213. Local colorVal         kOrange = (255<<16) | (110<<8); // | 15<<0;
  1214. Local colorVal         kOrange1 = (200<<16) | (110<<8); // | 15<<0; // this is brownish orange
  1215. Local colorVal         kGreen1    = (200<<8) | (31<<16) | (21<<0);
  1216. Local colorVal        kGray     = (127<<8) | (127<<16) | (127<<0);
  1217. Local colorVal        kLtGray = (191<<8) | (191<<16) | (191<<0);
  1218. Local colorVal        kDkGray = (63<<8) | (63<<16) | (63<<0);
  1219.  
  1220.  
  1221. Nlm_Boolean DBaseColors::NotAvailable()
  1222. {
  1223.     if (fState == kUnread) {
  1224.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1225.         if (tablefile) {
  1226.             ReadTable( tablefile);
  1227.             if (fState != kOkay) {
  1228.                 DLocateFile* win= new DLocateFile("Could not read table file '%s'", tablefile);
  1229.                 if (win->PoseModally()) {
  1230.                     ReadTable( win->fName);
  1231.                     if (fState == kOkay)
  1232.                         gApplication->SetPref( win->fName, fType, fSection); //??
  1233.                     }
  1234.                 delete win;
  1235.                 }
  1236.             }
  1237.         else fState= kNodata;
  1238.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  1239.         MemFree( tablefile);
  1240.         }
  1241.     return (fState != kOkay);
  1242. }
  1243.  
  1244. void DBaseColors::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  1245. {
  1246.     fState= kUnread;
  1247.     fType= type;
  1248.     fSection= section;
  1249.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  1250.     InitColors();
  1251. }
  1252.  
  1253. // static
  1254. void DBaseColors::TableChoice()
  1255. {
  1256.     char * title = "Base Color Table";
  1257.     char* desc = 
  1258. "[nacolors]"LINEEND
  1259. "; nucleic acid colors"LINEEND
  1260. "; base=color value ;add line for each base desired in set [' '..'~']"LINEEND
  1261. "; put two color values on a line for UPPER and lowercase bases"LINEEND
  1262. "A=0xffaa88"LINEEND
  1263. "C=0xaaff88"LINEEND
  1264. "G=0x8877ff"LINEEND
  1265. "T=0x88aaaa"LINEEND
  1266. "[aacolors]"LINEEND
  1267. "; amino acid colors"LINEEND
  1268. "A=0xaaff88"LINEEND
  1269. "B=0xffaa88"LINEEND
  1270. "; ... etc ..."LINEEND
  1271. ; 
  1272.  
  1273.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1274.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title,desc,tablefile);
  1275.     if (win->PoseModally()) {
  1276.         ReadTable( win->fFile);
  1277.         if (fState != kOkay) {
  1278.             Message(MSG_OK, "Table wasn't properly loaded.  Please try again");
  1279.             }
  1280.         else if (win->fSetPref)
  1281.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  1282.         }
  1283.     MemFree( tablefile);
  1284.     delete win;
  1285. }
  1286.  
  1287.  
  1288.  
  1289. static void ReadColors( char* colorstr, colorVal& ncolor1, colorVal& ncolor2, Boolean& twocolors)
  1290. {
  1291.         // this is failing to get correct color !!
  1292.         // sometimes no where near correct (grey -> black or white)
  1293.         // colorstr is read correctly into color1/color2
  1294.         // but SelectColor/GetColor pair loses it...
  1295.         
  1296.     unsigned short cr, cg, cb;
  1297.     //Nlm_Uint1  cr, cg, cb;
  1298.   unsigned long color1 = 0, color2 = 0;
  1299.     char * ep;
  1300.  
  1301.     ep= StrChr(colorstr,';'); if (ep) *ep= 0;
  1302.     colorstr= FlushLine( colorstr);
  1303.     twocolors= (StrChr(colorstr,' ') != NULL);
  1304.          // this works on Sol2, but %lx doesn't !
  1305.   sscanf( colorstr, "%li %li", &color1, &color2);  
  1306.   
  1307.     cr= (color1>>16) & 0xff;
  1308.     cg= (color1>>8) & 0xff;
  1309.     cb= (color1) & 0xff;
  1310. #ifdef WIN_MAC
  1311.     // color1 is correct format
  1312. #endif
  1313. #ifdef WIN_MSWIN
  1314.   color1 = (cr | cg << 8 | ((ulong)cb) << 16); //RGB (cr, cg, cb);
  1315. #endif
  1316. #ifdef WIN_MOTIF
  1317.     // X uses mapped values thru setcolor -- need to do the select/get dance
  1318.     Nlm_SelectColor( cr, cg, cb);
  1319.     color1= Nlm_GetColor();
  1320. #endif
  1321.     ncolor1= color1;
  1322.  
  1323.     if (twocolors) {
  1324.         cr= (color2>>16) & 0xff;
  1325.         cg= (color2>>8) & 0xff;
  1326.         cb= (color2) & 0xff;
  1327. #ifdef WIN_MAC
  1328.     // color2 is correct format
  1329. #endif
  1330. #ifdef WIN_MSWIN
  1331.   color2 = (cr | cg << 8 | ((ulong)cb) << 16); //RGB (cr, cg, cb);
  1332. #endif
  1333. #ifdef WIN_MOTIF
  1334.     // X uses mapped values thru setcolor -- need to do the select/get dance
  1335.         Nlm_SelectColor( cr, cg, cb);
  1336.         color2= Nlm_GetColor();
  1337. #endif
  1338.         ncolor2= color2;
  1339.         }
  1340. }
  1341.  
  1342.  
  1343. void DBaseColors::ReadTable( char* tableFile)
  1344. {
  1345.      DFile aFile( tableFile, "r");
  1346.     ReadTable( &aFile);
  1347. }
  1348.  
  1349.  
  1350. void DBaseColors::ReadTable(DFile* aFile)
  1351. {
  1352.     Boolean done= false;
  1353.     unsigned long*    curcolors;
  1354.     short      iline, nlines = 0;
  1355.     char    * line;
  1356.      char**    linelist;
  1357.  
  1358.     //fState= kNodata;
  1359.     if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  1360.     colorVal savecolor= Nlm_GetColor();    
  1361.     
  1362.     aFile->Open("r");
  1363.      linelist= Dgg_ReadDefaultPrefs( aFile->fFile, &nlines);
  1364.     
  1365.     for (iline= 0; iline<nlines; iline++) {
  1366.         line= linelist[iline];
  1367.         if (line && *line) {
  1368.             if (*line == '[') { // sect name 
  1369.                 if (StrNICmp(line+1,"nacolor",7)==0)  
  1370.                     curcolors= &gNAcolors[0];
  1371.                 else if (StrNICmp(line+1,"aacolor",7)==0) 
  1372.                     curcolors= &gAAcolors[0];
  1373.                 else 
  1374.                     curcolors= NULL;
  1375.                 }
  1376.             else if (*line == ';') {
  1377.                 // skip comment
  1378.                 }
  1379.             else if (curcolors) {
  1380.                 char* colorval= StrChr(line, '=');
  1381.                 if (colorval) {
  1382.                         // look for 2 values in color value, up & lowcase char colors !?
  1383.                     Boolean     twocolors= false;
  1384.                     colorVal    ncolor1, ncolor2;
  1385.                     char basec= *line;
  1386.                     ::ReadColors( colorval+1, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1387.                     curcolors[ toupper(basec) - ' ']= ncolor1;
  1388.                     if (twocolors) ncolor1= ncolor2;
  1389.                     curcolors[ tolower(basec) - ' ']= ncolor1;    
  1390.                     }
  1391.                 }
  1392.             MemFree(line);
  1393.             }
  1394.         }
  1395.     MemFree(linelist);
  1396.  
  1397.     
  1398.     Nlm_SetColor(savecolor);
  1399.  
  1400.     done= true; // !! need some test of acurrate read !!
  1401.     if (done) {
  1402.         fState= kOkay;
  1403.         }
  1404.     else fState= kNodata;
  1405. }
  1406.  
  1407.  
  1408.     // make color palette like these into class
  1409.     // w/ file open/save methods, dialog choose color method
  1410.     // simplest dialog -- use r,g,b and gray switches
  1411.  
  1412. //static
  1413. void DBaseColors::InitColors() 
  1414. {
  1415.         // a static method for static vars
  1416.         // should call this Init routine from some local initializer class at startup
  1417.         // can't use the const values above -- not same for diff win systems
  1418.         //Nlm_SelectColor (Nlm_Uint1 red, Nlm_Uint1 green, Nlm_Uint1 blue)
  1419.         // ^^ this is safe for all win sys    
  1420.     colorVal savecolor= Nlm_GetColor();
  1421.     Nlm_SelectColor(   0,   0,   0); kBlack= Nlm_GetColor();
  1422.     Nlm_SelectColor( 255, 255, 255); kWhite= Nlm_GetColor();
  1423.     Nlm_SelectColor( 255,   0,   0); kRed= Nlm_GetColor();
  1424.     Nlm_SelectColor(   0, 255,   0); kGreen= Nlm_GetColor();
  1425.     Nlm_SelectColor(   0,   0, 255); kBlue= Nlm_GetColor();
  1426.     Nlm_SelectColor( 255, 255,   0); kYellow= Nlm_GetColor();
  1427.     Nlm_SelectColor( 255,   0, 255); kMagenta= Nlm_GetColor();
  1428.     Nlm_SelectColor(   0, 255, 255); kCyan= Nlm_GetColor();
  1429.     Nlm_SelectColor( 200,  89,  15); kOrange= Nlm_GetColor();
  1430.     Nlm_SelectColor(  31, 200,  31); kGreen1= Nlm_GetColor();
  1431.     Nlm_SelectColor( 127, 127, 127); kGray= Nlm_GetColor();
  1432.     Nlm_SelectColor( 191, 191, 191); kLtGray= Nlm_GetColor();
  1433.     Nlm_SelectColor(  63,  63,  63); kDkGray= Nlm_GetColor();
  1434.     Nlm_SetColor(savecolor);
  1435.     
  1436.     char ch;
  1437.     for (ch= ' '; ch <= '~'; ch++) { 
  1438.         gAAcolors[ch-' ']= kBlack; 
  1439.         gNAcolors[ch-' ']= kBlack; 
  1440.         }
  1441.     gNAcolors['A'-' ']= kRed;      
  1442.     gNAcolors['a'-' ']= kRed;
  1443.     gNAcolors['C'-' ']= kBlue;     
  1444.     gNAcolors['c'-' ']= kBlue;
  1445.     gNAcolors['G'-' ']= kGreen1; 
  1446.     gNAcolors['g'-' ']= kGreen1;
  1447.     gNAcolors['T'-' ']= kOrange;  
  1448.     gNAcolors['t'-' ']= kOrange;
  1449.     gNAcolors['U'-' ']= kOrange;
  1450.     gNAcolors['u'-' ']= kOrange;
  1451. }
  1452.  
  1453.  
  1454.  
  1455.  
  1456.  
  1457.  
  1458. // class DSeqStyle
  1459.  
  1460. short DStyleTable::fState= DStyleTable::kUnread;
  1461. char* DStyleTable::fType= "seqmasks";
  1462. char* DStyleTable::fSection= "data";
  1463. char* DStyleTable::fDefaultvalue= "tables:seqmasks.table";
  1464. DList* DStyleTable::fStyles= NULL;
  1465. DSeqStyle DStyleTable::fLaststyle;
  1466. char    DStyleTable::fLastch= 0;
  1467. char* DStyleTable::fToprow = NULL;
  1468. long    DStyleTable::fToprowlen= 0;
  1469.  
  1470.  
  1471. DSeqStyle::DSeqStyle() :
  1472.     name(NULL), description(NULL),
  1473.     fontname(NULL),fontsize(10), font(NULL),
  1474.     bold(false), italic(false), uline(false), uppercase(false), lowercase(false),
  1475.     dofontpat(false),invertcolor(false), framestyle(kFrameSolid),
  1476.     fontcolor(0), backcolor(0), framecolor(0), 
  1477.     doframecolor(false), dofontcolor(false), dobackcolor(false),
  1478.     repeatchar(0),frame(kFramenone)
  1479. {
  1480.     MemFill(fontpattern,0,sizeof(fontpattern));
  1481. }
  1482.  
  1483.  
  1484. DSeqStyle::~DSeqStyle()
  1485. {
  1486.     MemFree( name);
  1487.     MemFree( description);
  1488.     MemFree( fontname);
  1489. }
  1490.  
  1491. void DSeqStyle::GetFont()
  1492. {
  1493.     if (fontname) 
  1494.         font= Nlm_GetFont( fontname, fontsize, bold, italic, uline, NULL);
  1495.     if (dofontpat && !dobackcolor) {
  1496.         dobackcolor= true;
  1497.         backcolor= 0; // black!? always or not?
  1498.         }
  1499. }
  1500.  
  1501. DObject* DSeqStyle::Clone()  
  1502. {    
  1503.     DSeqStyle* astyle= (DSeqStyle*) DObject::Clone();
  1504.     astyle->name= StrDup( name);
  1505.     astyle->description= StrDup( description);
  1506.     astyle->fontname= StrDup( fontname);
  1507.     return astyle;
  1508. }
  1509.  
  1510.  
  1511.  
  1512. Nlm_Boolean DStyleTable::NotAvailable()
  1513. {
  1514.     if (fState == kUnread) {
  1515.         char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1516.         if (tablefile) {
  1517.             ReadTable( tablefile);
  1518.             if (fState != kOkay) {
  1519.                 DLocateFile* win= new DLocateFile("Could not read table file '%s'", tablefile);
  1520.                 if (win->PoseModally()) {
  1521.                     ReadTable( win->fName);
  1522.                     if (fState == kOkay)
  1523.                         gApplication->SetPref( win->fName, fType, fSection); //??
  1524.                     }
  1525.                 delete win;
  1526.                 }
  1527.             }
  1528.         else fState= kNodata;
  1529.         if (fState != kOkay) Message(MSG_OK,"Could not read table file '%s'",tablefile);
  1530.         MemFree( tablefile);
  1531.         }
  1532.     return (fState != kOkay);
  1533. }
  1534.  
  1535. void DStyleTable::Initialize(char* type, char* section, char* defaultvalue)
  1536. {
  1537.     fState= kUnread;
  1538.     fType= type;
  1539.     fSection= section;
  1540.     fDefaultvalue= defaultvalue;
  1541.     fStyles= new DList();
  1542.     fLastch= 0;
  1543.     fToprow = NULL;
  1544.     fToprowlen= 0;
  1545. }
  1546.  
  1547. void DStyleTable::ReadTable( char* tableFile)
  1548. {
  1549.      DFile aFile( tableFile, "r");
  1550.     ReadTable( &aFile);
  1551. }
  1552.  
  1553. void DStyleTable::ReadTable(DFile* aFile)
  1554. {
  1555.     Boolean done= false;
  1556.     short      iline, nlines = 0;
  1557.     char    * line;
  1558.      char ** linelist;
  1559.     DSeqStyle    *    astyle = NULL;
  1560.     char            * cp;
  1561.     Boolean     twocolors;
  1562.     colorVal    ncolor1, ncolor2;
  1563.     
  1564.     //fState= kNodata;
  1565.     if (!aFile || !aFile->Exists()) return;
  1566.     colorVal savecolor= Nlm_GetColor();    
  1567.     
  1568.     //fStyles->FreeAllObjects();  // MEM LEAK !
  1569.     {
  1570.     long i, n= fStyles->GetSize();
  1571.     for (i=0; i<n; i++) {
  1572.         DSeqStyle* ast= (DSeqStyle*) fStyles->At(i);
  1573.         delete ast;
  1574.         }
  1575.     fStyles->DeleteAll();
  1576.     }
  1577.     
  1578.     aFile->Open("r");
  1579.      linelist= Dgg_ReadDefaultPrefs( aFile->fFile, &nlines);
  1580.     
  1581.     for (iline= 0; iline<nlines; iline++) {
  1582.         line= linelist[iline];
  1583.         if (line && *line) {
  1584.         
  1585.             if (*line == '[') { // sect name 
  1586.                 if (astyle) { astyle->GetFont(); fStyles->InsertLast(astyle); }  // save last one
  1587.                 astyle= new DSeqStyle();
  1588.                 cp= StrChr(line,']'); if (cp) *cp= 0;
  1589.                 astyle->name= StrDup(line+1); // ?? or do we use a "name=" variable?
  1590.                 }
  1591.                 
  1592.             else if (*line == ';') { // skip comment
  1593.                 }
  1594.                 
  1595.             else if (astyle) {
  1596.                 char* val= StrChr(line, '=');
  1597.                 if (val) {
  1598.                     *val++= 0;
  1599.                     while (isspace(*val)) val++;
  1600.                     
  1601.                     if (StrNICmp(line,"descr",5)==0) {
  1602.                         astyle->description= StrDup(val);
  1603.                         }
  1604.                     else if (StrNICmp(line,"repeat",6)==0) {
  1605.                         astyle->repeatchar= *val;
  1606.                         }
  1607.                     else if (StrNICmp(line,"frame",5)==0) {
  1608.                         if (StrNICmp(val,"box",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramebox ;
  1609.                         else if (StrNICmp(val,"oval",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFrameoval ;
  1610.                         else if (StrNICmp(val,"round",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramerrect ;
  1611.                         }
  1612.                     else if (StrNICmp(line,"boxstyle",5)==0) {
  1613.                         if (StrNICmp(val,"dashed",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameDashed ;
  1614.                         else if (StrNICmp(val,"dotted",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameDotted ;
  1615.                         else if (StrNICmp(val,"solid",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameSolid ;
  1616.                         else if (StrNICmp(val,"dark",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameDark ;
  1617.                         else if (StrNICmp(val,"medium",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameMedium ;
  1618.                         else if (StrNICmp(val,"light",3)==0) astyle->framestyle= DSeqStyle::kFrameLight ;
  1619.                         }
  1620.                     else if (StrNICmp(line,"style",5)==0) {
  1621.                         char* delims= ",;\t ";
  1622.                         char* word = StrTok(val, delims);
  1623.                         while (word) {
  1624.                             if (StrNICmp(word,"bold",3)==0) astyle->bold= true ;
  1625.                             else if (StrNICmp(word,"italic",3)==0) astyle->italic= true ;
  1626.                             else if (StrNICmp(word,"underline",3)==0) astyle->uline= true ;
  1627.                             else if (StrNICmp(word,"uppercase",3)==0) astyle->uppercase= true ;
  1628.                             else if (StrNICmp(word,"lowercase",3)==0) astyle->lowercase= true ;
  1629.                             else if (StrNICmp(word,"box",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramebox ;
  1630.                             else if (StrNICmp(word,"frame",3)==0) astyle->frame= DSeqStyle::kFramebox ;
  1631.                             else if (StrNICmp(word,"invertcolor",3)==0) astyle->invertcolor= true ;
  1632.                             word= StrTok( NULL, delims);
  1633.                             }
  1634.                         }
  1635.                     else if (StrNICmp(line,"fontcolor",7)==0) {
  1636.                         ::ReadColors( val, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1637.                         astyle->dofontcolor= true;
  1638.                         astyle->fontcolor= ncolor1;
  1639.                         }
  1640.                     else if (StrNICmp(line,"backcolor",7)==0) {
  1641.                         ::ReadColors( val, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1642.                         astyle->dobackcolor= true;
  1643.                         astyle->backcolor= ncolor1;
  1644.                         }
  1645.                     else if (StrNICmp(line,"framecolor",7)==0 
  1646.                                 || StrNICmp(line,"boxcolor",6)==0) {
  1647.                         ::ReadColors( val, ncolor1, ncolor2, twocolors);
  1648.                         astyle->doframecolor= true;
  1649.                         astyle->framecolor= ncolor1;
  1650.                         }
  1651.                     else if (StrNICmp(line,"fontnam",7)==0) {
  1652.                         astyle->fontname= StrDup(val);
  1653.                         }
  1654.                     else if (StrNICmp(line,"fontsiz",7)==0) {
  1655.                         astyle->fontsize= atol(val);
  1656.                         }
  1657.                     else if (StrNICmp(line,"fillpat",7)==0  
  1658.                               || StrNICmp(line,"fontpat",7)==0) {
  1659.                         astyle->dofontpat= true;
  1660.                         char * pat= astyle->fontpattern;
  1661.                       sscanf( val, "%li %li", pat, pat+4);  
  1662.                         }
  1663.  
  1664.                     }
  1665.                 }
  1666.             MemFree(line);
  1667.             }
  1668.         }
  1669.     MemFree(linelist);
  1670.     if (astyle) { astyle->GetFont(); fStyles->InsertLast(astyle); }  // save last one
  1671.     Nlm_SetColor(savecolor);
  1672.  
  1673.     done= true; // !! need some test of acurrate read !!
  1674.     if (done)  fState= kOkay;
  1675.     else fState= kNodata;
  1676. }
  1677.  
  1678.  
  1679. // static
  1680. void DStyleTable::TableChoice()
  1681. {
  1682.     char * title = "Sequence Style Table";
  1683.     char * desc = 
  1684. "[mask1]"LINEEND
  1685. "description=This is my first mask"LINEEND
  1686. "style=bold,italic,box,underline,uppercase/lowercase,invertcolor"LINEEND
  1687. "repeatchar=. ; use if you want mult-align repeated chars set to this"LINEEND
  1688. "fontname=Times"LINEEND
  1689. "fontsize=12"LINEEND
  1690. "fontcolor=0xff0000"LINEEND
  1691. "backcolor=0x80e0e0"LINEEND
  1692. "boxcolor=0x00ff00"LINEEND
  1693. "fillpattern=0xffaa8877 0xccddeeff ; use 2 hex-long values for this 8-byte pattern"LINEEND
  1694. "[anothermask]"LINEEND
  1695. "description=my second mask"LINEEND
  1696. "; ... etc ..."LINEEND
  1697. ; 
  1698.  
  1699.     char * tablefile= gApplication->GetFilePref( fType, fSection, fDefaultvalue);
  1700.     DTableChoiceDialog* win= new DTableChoiceDialog(title,desc,tablefile);
  1701.     if (win->PoseModally()) {
  1702.         ReadTable( win->fFile);
  1703.         if (fState != kOkay) {
  1704.             Message(MSG_OK, "Table wasn't properly loaded.  Please try again");
  1705.             }
  1706.         else if (win->fSetPref)
  1707.             gApplication->SetPref((char*)win->fFile->GetName(), fType, fSection);
  1708.         }
  1709.     MemFree( tablefile);
  1710.     delete win;
  1711. }
  1712.  
  1713.  
  1714. void DStyleTable::StartDraw(char* toprowbases, long maxrow)
  1715. {
  1716.     fToprow= toprowbases; // any need to dup it?
  1717.     fToprowlen= maxrow;
  1718.     fLastch= 0;
  1719. }
  1720.  
  1721. void DStyleTable::EndDraw()
  1722. {
  1723.     fToprow= NULL;
  1724.     fLaststyle.ClearDrawing();
  1725.     fLastch= 0;
  1726. }
  1727.  
  1728. void DSeqStyle::ClearDrawing()
  1729. {
  1730.         // reverse the draw screen state
  1731.     if (font) ; // set saved font !?
  1732.     font= NULL;
  1733.     //if (invertcolor) Nlm_InvertColors(); // do before Black()
  1734.     Nlm_Black();
  1735.     fontcolor= 0; // == black
  1736.     if (dobackcolor) ; //??
  1737.     backcolor= 0;
  1738.     if (dofontpat) Nlm_Solid();
  1739.     dofontpat= false;
  1740. }
  1741.  
  1742. void DStyleTable::DrawBaseWithStyle( char ch, long baseindex, short maskval,     
  1743.                                                                       Nlm_RecT&    crec, short atrow)
  1744. {
  1745.     //short maskval= aseq->MaskAt(baseindex, masklevel);
  1746.     DSeqStyle* style= NULL;
  1747.     if (maskval) style= (DSeqStyle*) fStyles->At(maskval-1);
  1748.     if (!style) {
  1749.         Nlm_PaintChar(ch);
  1750.         return;
  1751.         }
  1752.         
  1753.     if (style->repeatchar && atrow>0 && fToprow && baseindex<fToprowlen && ch == fToprow[baseindex]) 
  1754.         ch= style->repeatchar;
  1755.     if (style->uppercase) ch= toupper(ch);
  1756.     else if (style->lowercase) ch= tolower(ch);
  1757.     
  1758.     if (style->font && (style->font != Nlm_fontInUse || style->font != fLaststyle.font)) 
  1759.         Nlm_SelectFont(style->font);  
  1760.     if (style->dofontcolor) {
  1761.         //if (style->fontcolor != fLaststyle.fontcolor) 
  1762.         Nlm_SetColor(style->fontcolor);
  1763.         }
  1764.     else {
  1765.         // !! Fix this -- pass "colors" param
  1766.         //if (ch!=fLastch) Nlm_SetColor( colors[ch-' ']);
  1767.         }
  1768.         
  1769.     if (style->invertcolor && !fLaststyle.invertcolor) Nlm_InvertColors();
  1770.     // ?? &/or Nlm_InvertRect( &crec);
  1771.     // #define  ShadeInvert()  { PaintRect(myRect);    TextMode(srcBIC); }
  1772.     // if (style->dobackcolor) { Nlm_SetColor(style->backcolor); Nlm_PaintRect(&crec);    TextMode(srcBIC); } //???
  1773.     // if (style->dofontpat) Dgg_PenPattern(fontpattern);  
  1774.     
  1775.     Nlm_PaintChar(ch);
  1776.     
  1777.     if (style->frame) switch (style->frame) {
  1778.         case DSeqStyle::kFramebox:     Nlm_FrameRect( &crec); break;
  1779.         case DSeqStyle::kFrameoval:  Nlm_FrameOval( &crec); break;
  1780.         case DSeqStyle::kFramerrect: Nlm_FrameRoundRect( &crec, 4,4); break;
  1781.         default: break;
  1782.         }
  1783.         
  1784.     fLastch= ch;
  1785.     fLaststyle= *style;
  1786. }            
  1787.  
  1788.  
  1789.  
  1790.